Seurakunta on kirkollisen elämän perusyksikkö. Yhteisöinä seurakunnat ovat keskenään varsin erilaisia: suurimpaan seurakuntaan eli Helsingin ortodoksiseen seurakuntaan kuuluu yli 22 000 jäsentä, pienimpään noin kaksi tuhatta. Suomen ortodoksisessa kirkossa on 1.1.2022 alkaen yhteensä 10 seurakuntaa, joista kolme kuuluu Helsingin hiippakuntaan, viisi Kuopion ja Karjalan hiippakuntaan ja kaksi Oulun hiippakuntaan.