Kirkko jakaantuu kolmeen osaan: eteiseen, kirkkosaliin ja alttariin. Eteinen kuvaa kirkon ulkopuolista maailmaa, kirkkosali elämää kirkon yhteydessä ja alttari tulevaa Jumalan valtakuntaa.
Kirkkosalin oven viereltä löytyy yleensä paikka, jossa myydään ainakin kirkkokynttilöitä eli tuohuksia. Tuohusmyyjä on useimmiten pyhäkön isännöitsijä tai seurakunnan vapaaehtoinen. Hänen puoleensa voi huoletta kääntyä aina, jos joku asia kirkossa askarruttaa.
Kirkkosalin keskellä on yleensä vinopöytä eli analogi, jolle on asetettu meneillään olevan juhlan tai päivän pyhän ikoni. Kirkkoon tullessaan ihmiset käyvät yleensä ensimmäisenä kunnioittamassa tälle analogille asetettua ikonia.
Kirkkosalin ja alttarin välissä on kuvaseinä eli ikonostaasi. Sen muoto, leveys ja korkeus voivat vaihdella kirkosta toiseen paljonkin, mutta keskeisimpien ikonien järjestys on samanlainen kaikissa ortodoksisissa kirkoissa.
Ikonostaasin keskellä oleviin pyhiin oviin on kuvattu Neitseen Marian ilmestys ja neljä evankelistaa: Matteus, Markus, Luukas ja Johannes. Pyhien ovien oikealla puolella on Kristuksen ikoni ja vasemmalla Jumalansynnyttäjän eli Neitsyt Marian ikoni. Pyhien ovien yläpuolella on yleensä Ehtoollisen asettamisen ikoni.
Kristuksen ikonin oikealla puolella on yleensä ylienkelin tai jonkun alkukirkon diakonin ikoni. Tämän ikonin kohdalla on samalla toinen alttariin johtavista sivuovista. Äärimmäisenä oikealla on yleensä sen tapahtuman tai pyhän ikoni, jolle kyseinen kirkko on pyhitetty. Jumalansynnyttäjän ikonin vasemmalla puolella on myös joko ylienkelin tai alkukirkon diakonin ikoni.
Kirkkosalin etuosassa, ikonostaasin edessä on usein koroke, jota kutsutaan soleaksi. Sen juurella, yleensä vasemmalla puolella on niin kutsuttu vainajien muistelupöytä, jonka edessä kirkkokansa rukoilee edesmenneiden puolesta. Tämän pöydän ja solean väliin tai vainajien muistelupöydän lähelle on usein sijoitettu suurikokoinen Golgatan ristiä kuvaava ikoni.
Ortodoksisessa kirkossa ei käytetä soittimia, vaan kirkkomusiikki on aina laulettua. Siksi kirkkosalissa on aina paikka kuoroa ja kuoroa johtavaa kanttoria varten.
Ikonostaasin takana sijaitsevan alttarihuoneen keskellä on alttaripöytä eli pyhä pöytä. Sen päällä toimitetaan ehtoollisen sakramentti. Alttarihuoneen vasemmalla laidalla on toinen pöytä, jota kutsutaan uhripöydäksi. Siinä valmistetaan ehtoollislahjat liturgiajumalanpalvelusta varten.
Näiden vakiintuneiden elementtien lisäksi kirkossa voi olla vaihteleva määrä seinille tai eri puolille kirkkosalia asetetuille analogeille sijoitettuja ikoneita. Suomessa on myös muutamia kokonaan freskomaalattuja kirkkoja – esimerkiksi Espoon Tapiolassa sijaitsevan Pyhän Herman Alaskalaisen kirkon ja Joensuussa sijaitsevan Ortodoksisen seminaarin kirkon sisäseinät ovat koristeltu kauttaaltaan ikonein.
Ortodoksiseen pyhäkköön kuuluvat oleellisena osana myös kirkonkellot, joita soitetaan käsin. Kellojen määrä vaihtelee pyhäköittäin – suurimmilla kellosarjoilla soitettu juhlasoitto vaatii soittajalta paitsi kirkon soittotradition tuntemusta, myös musikaalista lahjakkuutta. Kellot on sijoitettu joko kirkkorakennukseen tai erilliseen kellotorniin. Pääsiäisviikolla eli kirkkaalla viikolla on tapana, että kaikki saavat soittaa kirkonkelloja Kristuksen riemullisen ylösnousemisen kunniaksi.