Ortodoksisuus on saapunut Suomeen idästä. Kiovaan perustettiin piispanistuin 990-luvulla ja sieltä ortodoksinen kristillisyys levisi sekä pohjoiseen että itään. Novgorodin pohjoisille alueille, kuten Karjalaan ja itäiseen Suomeen, kristinusko levisi 1100-luvulla. Keskusseuduille rakennettiin kirkkoja ja erämaahan muodostui 1300-luvun lopulta alkaen pieniä erämaaluostareita. Aktiivisemmin kristillinen usko alkoi juurtua näille seuduille 1400-luvun lopulla. Tässä edesauttoi myös Venäjän kirkon irtatutuminen Konstantinopolin patriarkaatin alaisuudesta vuonna 1448.
1500-luvun lopun ja 1600-luvun alun sodissa Karjalan läntiset osat jäivät osaksi Ruotsin valtakuntaa. Tämä oli takaisku kirkon kehitykselle. Laatokan Karjalan palattua osaksi Venäjää 1700-luvun alussa ortodoksinen usko alueilla elpyi. Samalla alkoi jo vuosisatoja aiemmin perustetun Valamon luostarin kukoistusvaihe, jolla oli suuri merkitys ortodoksisuuden juurtumiselle Karjalaan ja Suomeen.
Kun Suomesta muodostettiin 1800-luvun alussa suuriruhtinaskunta yhdessä Laatokan Karjalan ja Kannaksen kanssa, tuli Suomeen pysyvästi ortodoksista väestöä. Ortodoksiväestöä asettui Venäjältä muuttaneiden kauppiaiden, sotilaiden ja virkamiesten myötä myös tärkeimpiin kaupunkeihin, esimerkiksi Viipuriin ja Helsinkiin.
Suomen kirkollinen hallinto järjestettiin ensin osana Pietarin hiippakuntaa. Vuonna 1892 perustettiin itsenäinen Suomen ja Viipurin arkkipiispanistuin, josta tuli samalla ensimmäinen Suomen ortodoksinen piispanistuin.
Kun Suomi sai itsenäisyyden Venäjän vallankumouksen yhteydessä, uuteen valtioon muodostui samalla ortodoksinen vähemmistökirkko. Sen asema oli erilainen kuin vallankumousta edeltäneen ortodoksisen kirkon asema.
Kirkon suomalaistaminen käynnistyi ripeästi. Kirkko siirtyi vuonna 1923 Moskovan patriarkaatin alaisuudesta Konstantinopolin Ekumeeniseen patriarkaattiin. Jumalanpalvelus- ja virkakieleksi tuli suomi ja arkkipiispan istuin siirrettiin Viipurista Sortavalaan.
Sotien välisen ajan ortodoksisen kirkon toiminnan painopiste oli Karjalassa. Suomen ortodoksisen kirkon väestöhuippu, 81 631 jäsentä, tilastoitiin vuonna 1940.
Toisen maailmansodan ja alueluovutusten seurauksena kirkko menetti noin 90 % materiaalisesta omaisuudestaan. Rajan taakse jäi 18 seurakuntaa ja neljä luostaria: Valamo, Lintula, Konevitsa ja Petsamo.
Sodan jälkeen ortodoksinen evakkoväestö asutettiin eri puolille maata. Valamon ja Lintulan luostarit sijoittuivat 1940-luvulla Heinävedelle – Valamoon muuttivat lopulta myös Konevitsan ja Petsamon luostarien viimeiiset kilvoittelijat.
1950-luku oli kirkossa sekä materiaalisen että hengellisen jälleenrakennuksen aikaa. Suomeen perustettiin 14 uutta ortodoksista seurakuntaa ja kirkon tarpeisiin rakennettiin valtion varoin 13 kirkkoa ja kymmeniä rukoushuoneita. Näin syntyi koko maan kattava ortodoksinen
seurakuntaverkosto.
Sotien jälkeen jäsenmäärä pieneni vuoteen 1990 asti, jonka jälkeen alkoi uusi kasvun aika. Vuoden 2023 lopussa Suomen ortodoksisessa kirkossa oli noin 56 000 jäsentä.