Kirkolliskokous on Suomen ortodoksisen kirkon korkein päättävä elin. Sen jäseniä ovat hiippakuntien piispat ja apulaispiispat, yksitoista papiston vaalilla keskuudestaan valitsemaa papiston edustajaa, kolme kanttorien vaalilla keskuudestaan valitsemaa kanttorien edustajaa sekä kahdeksantoista valitsijamiesvaalilla nelivuotiselle toimikaudelle valittua maallikkojen edustajaa.

Seuraavat kirkolliskokousedustajien vaalit toimitetaan keväällä 2027.

Kirkolliskokous hoitaa kirkon lainsäädäntöä, hallintoa ja taloutta koskevia asioita sekä kirkon hengellisiä asioita ortodoksisesta kirkosta annetun lain 1 §:ssä säädetyissä rajoissa.

Kirkolliskokous asettaa valiokunnat koko toimikaudekseen. Kirkolliskokouksen pysyvät valiokunnat ovat lakivaliokunta, sivistysvaliokunta, hallintovaliokunta, talousvaliokunta ja tarkastusvaliokunta.

Kirkolliskokous valitsee myös kirkollishallituksen asiantuntijajäsenet ja henkilökohtaisen varajäsenen jokaiselle heistä. Asiantuntijajäseneksi voidaan valita ortodoksisesta kristillisestä vakaumuksesta tunnettu kirkon jäsen, joka ei ole vajaavaltainen.  Asiantuntijajäsenistä yhden tulee olla papin toimeen kelpoinen pappi ja yhden tuomarin virkaan vaadittavan tutkinnon suorittanut. Kirkollishallituksen jäseniä ovat myös arkkipiispa ja hiippakuntien piispat.  sekä kirkolliskokouksen omaksi toimikaudekseen valitsemat neljä asiantuntijajäsentä.

Kirkollishallitus hoitaa kirkon yhteisiä asioita, huolehtii kirkolliskokouksen päätösten toimeenpanosta ja valvoo laajasti kirkon etua.

Jokaisessa hiippakunnassa toimii myös nuorisovaltuusto, johon hiippakunnan piispa valitsee jäsenet seurakuntien esityksestä.

Näiden keskeisten luottamustehtävien lisäksi kirkon jäsen voidaan valita edustamaan kirkkoa erilaisiin toimielimiin – esimerkiksi Suomen Ekumeenisen Neuvostoon tai sen jaostoihin.