Suomen ortodoksinen kirkko on kuulunut vuodesta 1923 asti autonomisena eli itsehallinnollisena kirkkona Konstantinopolin ekumeenisen patriarkaatin alaisuuteen. Patriarkaatin päämies on ekumeeninen patriarkka Bartolomeos I, joka on astunut virkaansa vuonna 1991.
Kirkolla on virallinen asema Suomen lainsäädännössä (kts. https://www.finlex.fi/fi/laki/
Kirkossa on kolme hiippakuntaa, kokojärjestyksessä Helsingin hiippakunta, Kuopion ja Karjalan hiippakunta ja Oulun hiippakunta. Koko kirkkoa ja Helsingin hiippakuntaa johtaa Helsingin ja koko Suomen arkkipiispa Leo, jonka istuin sijaitsee Helsingissä. Helsingin hiippakunnassa on myös apulaispiispa, Haminan piispa Sergei. Kuopion ja Karjalan hiippakuntaa johtaa metropoliitta Arseni ja Oulun hiippakuntaa metropoliitta Elia.
Seurakuntia on kymmenen, ja niistä jokaisessa toimii useampia aktiivisia pyhäkköyhteisöjä. Maantieteellisesti seurakunnat ovat huomattavan laajoja. Väkimäärältään suurin seurakunta on Helsingin seurakunta, johon kuuluu yli kolmannes kirkon jäsenmäärästä.
Suomessa on yhteensä noin 150 ortodoksista pyhäkköä – kirkkoa, tsasounaa, rukoushuonetta tai kappelia – joista valtaosa on Suomen ortodoksisten seurakuntien tai luostareiden omistuksessa. Lisäksi maassa on kymmeniä yksityisessä omistuksessa olevia pyhäkköjä, joista useimmissa toimitetaan myös seurakunnan yhteisiä jumalanpalveluksia.
Suomen ortodoksinen kirkko on hyvin monikulttuurinen: jäsenistöstä noin viidennes puhuu äidinkielenään jotain muuta kuin suomea, ruotsia tai koltansaamea. Suurimman kielivähemmistön muodostavat venäjänkieliset kirkon jäsenet, seuraavaksi puhutuimpia vähemmistökieliä ovat romania, kreikka, bulgaria, ukraina ja viro.
Kirkon pääasiallinen jumalanpalveluskieli on suomi, mutta seurakunnissa toimitetaan palveluksia myös muilla kielillä – esimerkiksi kirkkoslaaviksi, ukrainaksi, ruotsiksi, kreikaksi, romaniaksi ja koltansaameksi. Jumalanpalveluksessa voidaan käyttää myös kahta tai useampaa kieltä vuorotellen.
Seurakuntien lisäksi Suomessa toimii kaksi ortodoksista luostaria. Molemmat sijaitsevat Heinävedellä. Lintulan luostarissa ja Valamon luostarissa kilvoittelee yhteensä noin kaksikymmentä nunnaa, munkkia ja/tai noviisia.