Suomen ortodoksinen kirkko on Ekumeeniseen patriarkaattiin kuuluva autonominen paikalliskirkko, jota johtaa arkkipiispa.
Kirkon korkein päättävä elin on kirkolliskokous. Kirkolliskokouksen jäseniä ovat hiippakuntien piispat ja apulaispiispat, yksitoista papiston vaalilla keskuudestaan valitsemaa papiston edustajaa, kolme kanttorien vaalilla keskuudestaan valitsemaa kanttorien edustajaa sekä kahdeksantoista valitsijamiesvaalilla valittua maallikkojen edustajaa. Kirkolliskokouksen toimikausi on nelivuotinen.
Kirkolliskokouksen päätökset panee toimeen kirkollishallitus. Kirkollishallituksen jäseniä ovat arkkipiispa, hiippakuntien piispat sekä kirkolliskokouksen omaksi toimikaudekseen valitsemat neljä asiantuntijajäsentä. Kirkolliskokous valitsee jokaiselle asiantuntijajäsenelle myös henkilökohtaisen varajäsenen.
Kirkollishallituksen toimivaltaan kuuluvia hallinnollisia, toiminnallisia ja taloudellisia asioita hoitaa kirkon palvelukeskus.