Idän ja lännen kirkkojen jakaantuessa 1200-luvulla idän kirkkoon kuului neljä patriarkaattia: Konstantinopoli, Aleksandria, Antiokia ja Jerusalem. Seuraavina vuosisatoina ortodoksinen usko levisi uusille alueille. Jo mainittujen patriarkaattien rinnalle syntyi ajan mittaan uusia patriarkaatteja ja itsenäisiä eli autokefalisia ortodoksisia kirkkoja.
Nykyisin patriarkaatteja on yhteensä yhdeksän: Konstantinopolin ekumeeninen patriarkaatti, Aleksandrian patriarkaatti, Antiokian patriarkaatti, Jerusalemin patriarkaatti, Moskovan patriarkaatti, Serbian patriarkaatti, Romanian patriarkaatti, Bulgarian patriarkaatti ja Georgian patriarkaatti.
Lisäksi maailmassa toimii kuusi täysin itsenäistä eli autokefalista ortodoksista kirkkoa: Kyproksen ortodoksinen kirkko, Kreikan ortodoksinen kirkko, Puolan ortodoksinen kirkko, Albanian ortodoksinen kirkko, Tsekin ja Slovakian ortodoksinen kirkko sekä Ukrainan ortodoksinen kirkko.
Toisin kuin esimerkiksi katolisella kirkolla, ortodoksisella kirkolla ei siis ole maailmanlaajuista keskushallintoa, vaan kirkko koostuu itsenäisistä paikalliskirkoista. Konstantinopolin patriarkaatilla – jonka alaisuuteen Suomenkin ortodoksinen kirkko autonomisena kirkkona kuuluu – on kuitenkin kunnia-asema ensimmäisenä ortodoksisena patriarkaattina.
Paikalliskirkkojen keskinäisissä suhteissa on ollut historian saatossa merkittäviäkin ongelmia. Juuri nyt eletään jälleen suurten välirikkojen aikaa. Venäjän hyökkäys Ukrainaan ja Venäjän ortodoksisen kirkon häikäilemätön ja häpeällinen alistuminen valtiollisen propagandan sanansaattajaksi on sysännyt koko ortodoksisen maailman muutokseen, jonka seurauksia ei voida vielä ennustaa.