Seurakunnissa ylintä päätösvaltaa käyttää vaaleilla nelivuotiselle toimikaudelle valittu seurakunnanvaltuusto. Seuraavat vaalit toimitetaan seurakunnissa syksyllä 2027. (Poikkeuksena Helsingin ortodoksinen seurakunta, jossa tullaan tätä ennen toimittamaan syksyltä 2023 myöhästetty valtuustovaali.)
Valtuusto valitsee itselleen keskuudestaan puheenjohtajan ja sihteerin yhdeksi kalenterivuodeksi kerrallaan. Valtuuston kokoukset ovat julkisia.
Seurakunnanvaltuusto valitsee seurakunnalle oman toimikautensa ajaksi seurakunnanneuvoston. Neuvoston itseoikeutettuja jäseniä ovat neuvoston puheenjohtajana toimiva kirkkoherra ja seurakunnan pääkirkon isännöitsijä. Lisäksi neuvostoon on valittava vähintään neljä muuta jäsentä. Seurakuntaan päätoimisessa työsopimussuhteessa olevat papit, diakonit ja kanttorit voivat valita keskuudestaan edustajan, jolla on puheoikeus seurakunnanneuvoston kokouksessa.
Seurakunnanneuvoston tehtävänä on edistää seurakunnan hengellistä elämää, vastata seurakunnan hallinnosta ja taloudenhoidosta sekä seurakunnanvaltuuston päätösten valmistelusta, laillisuuden valvonnasta ja täytäntöönpanosta. Seurakunnanneuvosto valvoo seurakunnan etua, edustaa seurakuntaa ja käyttää sen puhevaltaa, jollei laissa tai kirkkojärjestyksessä toisin säädetä.
Seurakunnanvaltuusto valitsee lisäksi jäsenet seurakunnan lakisääteisiin lautakuntiin – kiinteistölautakuntaan ja vaalilautakuntaan – koko nelivuotisen toimikauden ajaksi. Jos seurakunnassa on muita toimikuntia tai lautakuntia, myös niiden jäsenet valitsee seurakunnanvaltuusto. Mikäli seurakunnassa on kappeliseurakunta, valtuusto valitsee myös kappelineuvoston jäsenet.
Edelleen seurakunnanvaltuusto valitsee seurakunnan tilintarkastajat, pyhäköiden isännöitsijät ja edustajat hiippakuntaneuvostoon. Hiippakuntaneuvoston tehtävänä on hiippakunnan piispan apuna suunnitella ja koordinoida hiippakunnan sekä sen seurakuntien (ja luostarien) hallintoa ja toimintaa.