Suomen ortodoksisen kirkon pyhäköissä näkyy kirkon pitkä ja vaiherikas historia. Suuri osa kirkon rakennushistoriallista perintöä on myös menetetty: toisen maailmansodan seurauksena monien seurakuntien ja luostarien kirkot ja tsasounat jäivät rajan taakse.
Vanhimmat Suomessa nykyisin käytössä olevat pyhäköt on rakennettu 1700-luvun lopulla. Lieksassa sijaitseva Kristuksen kirkastumisen tsasouna on rakennettu vuonna 1769 ja Lappeenrannassa sijaitseva Jumalansynnyttäjän suojeluksen kirkko vuonna 1785. Myös Ilomantsin Hattuvaarassa sijaitseva Pyhien Pietarin ja Paavalin tsasouna ja Kotkassa sijaitseva Pyhän Nikolaoksen kirkko ovat valmistuneet 1700-luvun puolella.
1800-luvulla moneen suomalaiseen kaupunkiin nousi näyttävä ortodoksinen kirkko. Helsingin vanhin ortodoksinen pyhäkkö on Unioninkadulle vuonna 1827 valmistunut Pyhän Kolminaisuuden kirkko. Vuosisadan kuluessa suuria puu- tai kivikirkkoja valmistui myös Haminaan, Turkuun, Vaasaan, Tornioon, Joensuuhun, Ilomantsiin, Savonlinnaan, Hankoon, ja Tampereelle. Maan tunnetuin ortodoksinen kirkko, Uspenskin katedraali, valmistui Helsingin Katajanokalle vuonna 1868.
1900-luvun alussa valmistunutta rakennuskantaa edustavat mm. Viinijärvellä, Polvijärvellä ja Sonkajanrannalla sijaitsevat suuret puukirkot, Kuopion ortodoksisen seurakunnan pääpyhäkkö Pyhän Nikolaoksen katedraali, Kouvolan Pyhän Ristin kirkko ja Helsingin Liisankadulla sijaitseva Kotikirkko.
Toisen maailmansodan jälkeiset vuosikymmenet olivat kirkossa ahkeran jälleenrakennuksen aikaa. Suomeen rakennettiin sekä valtion tuella että lahjoitusvaroin ja talkootyöllä kymmeniä kirkkoja ja rukoushuoneita – monet myös alueille, joilla ei ollut ortodoksista väestöä vielä ennen sotaa. Tältä ajalta ovat peräisin mm. Imatralla, Mikkelissä, Rovaniemellä, Lahdessa, Iisalmessa, Oulussa, Kajaanissa, Nurmeksessa ja Varkaudessa sijaitsevat kirkot.
Jälleenrakennusajan pyhäköiden arkkitehtuuri on monin paikoin huomattavasti sotia edeltävää aikaa vaatimattomampaa. Ortodoksiselle kirkolle tyypillisiä liekkikupoleita ei niiden katoilla juuri näy.
Rakentaminen jatkui kohtuullisen vilkkaana aina 2000-luvun alkuun asti. 1970-luvulla kirkon molempiin luostareihin, Valamoon ja Lintulaan, valmistui uusi pääkirkko – Lintulaan vuonna 1973 ja Valamoon vuonna 1977. 1980-luvulla kirkkoja valmistui mm. Järvenpäähän, Joensuuhun, Nellimiin ja Porvooseen, seuraavalla vuosikymmenellä mm. Klaukkalaan, Vantaalle, Kiteelle ja Espooseen. Arkkitehtuurin osalta pyhäköissä näkyy laajasti vaikutteita sekä karjalaistyyppisestä puurakentamisesta, kreikkalaistyylisestä kirkkoarkkitehtuurista että modernista pyhäkköarkkitehtuurista.
Lähes kaikissa Suomen kunnissa asuu ortodokseja, mutta niissä kaikissa ei ole ortodoksista pyhäkköä. Hyvin ekumeenisten suhteiden ansiosta seurakunnat toimittavat säännöllisesti jumalanpalveluksia myös Suomen evankelis-luterilaisten seurakuntien tiloissa ja muissa tarkoitukseen soveltuvissa tiloissa.
Kaikki ovat tervetulleita tutustumaan ortodoksisiin pyhäköihin. Käytännössä tutustuminen on helpointa jumalanpalveluksen yhteydessä, sillä vain luostarien ja suurimpien kaupunkien keskustassa sijaitsevat pyhäköt –esimerkiksi Uspenskin katedraali Helsingissä ja Pyhän Aleksanteri Nevskin ja pyhän Nikolaoksen kirkko Tampereella – ovat läpi vuoden avoinna myös palvelusaikojen ulkopuolella. Kesäaikaan ortodoksiset seurakunnat pyrkivät pitämään kirkkoja avoinna osana Tiekirkkojen verkostoa.