Palvelukeskuksen operatiivista toimintaa koordinoi, suunnittelee ja kehittää palvelukeskuksen johtoryhmä, jonka työskentelyä johtaa palvelukeskuksen johtaja.
Johtoryhmän muodostavat arkkipiispa ja palvelukeskuksen eri toiminnoista vastaavat työntekijät: palvelukeskuksen johtaja, kirkon lakimies, talouspäällikkö, kiinteistöpäällikkö, kasvatuksen ja koulutuksen koordinaattori sekä vastaava tiedottaja.
Johtoryhmä valmistelee kirkollishallituksen käsittelyyn tulevat asiat ja johtoryhmän jäsenet esittelevät omaan toimialaansa liittyvät asiat kirkollishallituksen istunnoissa.