În Biserica Ortodoxă a Finlandei sunt trei episcopii, în ordine ierarhică: Episcopia Helsinkiului, Episcopia de Kuopio și Carelia și Episcopia de Oulu. Întreaga Biserică și Episcopia Helsinkiului sunt conduse de Arhiepiscopul Helsinkiului și a întregii Finlande Leo, a cărui sediu este la Helsinki. Episcopia Helsinkiului are un episcop-vicar, episcopul Sergei de Hamina. Episcopia de Kuopio și Carelia este condusă de mitropolitul Arseni. Episcopia de Oulu este condusă de mitropolitul Elia.
În cadrul Bisericii Ortodoxe a Finlandei sunt 10 parohii, iar în cadrul acestora activează numeroase comunități în jurul bisericilor existente în aceste parohii. În Finlanda sunt, aproximativ, 150 de biserici.
Din punct de vedere geografic parohiile sunt foarte întinse, ca suprafață. Cea mai mare parohie este parohia Helsinkiului de care aparțin mai mult de o treime dintre membrii întregii Biserici. Parohia de care aparține membrul Bisericii Ortodoxe a Finlandei se consideră după localitatea unde persoana locuiește.
În Finlanda sunt două mănăstiri ortodoxe. Amândouă se află în localitatea Heinävesi. În mănăstirea Sfânta Treime de la Lintula și în mănăstirea Schimbarea la față de la Noul Valamo, se nevoiesc în jur de douăzeci de călugărițe, călugări și/sau novici.