Laki ortodoksista kirkosta pykälän 56 ja kirkkojärjestyksen pykälän 87 mukaan seurakunnan korkein elin on seurakunnanvaltuusto, joka käyttää seurakunnan päätösvaltaa. Seurakunnanvaltuusto on tietyissä asioissa alisteinen hiippakunnan piispalle.
Turun ortodoksisen seurakunnan seurakunnanvaltuuston jäsenet kaudelle 2024-2027 ovat: Florea Maria, Harikkala-Laihinen Riikka, (varapuheenjohtaja), Kaari Tapio, Koponen Riitta, Kulmala Kalle, Kuusela Maisa (varapuheenjohtaja), Lampropoulos Ioannis (kirkkoherra), Lehtinen Leena, Nikolaev Kirill, Ojanen Tarja, Oksa Valtteri, Rantanen Veera, Ratilainen Niina, Sigfridsson Lenni, Viitaniemi Vesa (puheenjohtaja), Ylinen Mikko.
Seurakunnanvaltuuston tehtävänä on mm. edistää seurakunnan hengellistä elämää sekä ohjata ja valvoa kasvatus-, nuoriso- ja diakoniatoimintaa; valita hiippakuntaneuvoston, seurakunnanneuvoston, kappelineuvoston, vaalilautakunnan ja kiinteistölautakunnan jäsenet sekä kirkonisännöitsijät ja rukoushuoneiden isännöitsijät; päättää papiston ja kanttorien tehtävien perustamisesta, lakkauttamisesta ja muuttamisesta; valita papit, diakonit ja kanttorit; päättää hautausmaan perustamisesta, laajentamisesta ja lakkauttamisesta; hyväksyä seurakunnan toiminta- ja taloussuunnitelma; ja hyväksyä seurakunnan talousarvio.
Vuoden 2025 seurakunnanvaltuuston pöytäkirjat (linkki)