Mikkelin ja Varkauden seurakunnat yhdistettiin Saimaan seurakunnaksi vuoden 2017 alussa.
Saimaan seurakunnan pääkirkot sijaitsevat Mikkelissa ja Varkaudessa. Pyhän ylienkeli Mikaelin kirkon (1958) on suunnitellut samanlaisten Iisalmen, Kajaaniin ja Nurmeksen kirkkojen tapaan arkkitehti Ilmari Ahonen. Kristuksen taivaaseenastumisen kirkko Varkaudessa (1959) on arkkitehti Kalevi Väyrysen suunnittelema.
Saimaan seurakunnan kolmas kirkko on Jumalansynnyttäjän syntymän kirkko Pieksämäellä.
Seurakunnan vanhin kirkko Savonlinnassa palautui ortodoksisen kirkon omistukseen helmikuussa 2017, jolloin Savonlinnan–Säämingin evankelisluterilainen seurakunta luovutti vuodesta 1939 luterilaisena toimineen Pyhien Sakariaan ja Elisabetin kirkon (1846) kirkon restaurointia varten perustetulle Pikkukirkko-yhdistykselle.
Saimaan seurakunnan alueella on tšasounaa: Leppävirralla, Joroisissa, Savonlinnan Haukiniemessä ja kolme Mikkelin kaupungissa.