Joensuun seurakunnan alueella on seitsemän kirkkoa ja 14 kappelia tai tšasounaa. Joensuun kaupungissa pyhäkköjä on kolme: Pyhän Nikolaoksen kirkko (1880), Johannes Teologin ja Karjalan valistajien kirkko (1995) ja Pyhän Eläväksitekevän ristin tšasouna (1999).
Pyhän Nikolaoksen kirkko on Joensuun seurakunnan pääkirkko. Sen suunnitteli Pietarin hiippakunnan arkkitehti Grigori Ivanovitš Karpov.
Johannes Teologin ja Karjalan valistajien kirkon ortodoksisella seminaarilla on suunnitellut kreikkalaisten mallien pohjalta arkkitehti Antero Turkki.