Suomen ortodoksisessa kirkossa on kolme hiippakuntaa, 21 maantieteellisesti laajaa seurakuntaa ja kaksi luostaria, Valamon ja Lintulan luostarit.
Suomessa toimii kaksi ortodoksista luostaria: Valamon ja Lintulan luostarit. Molemmat sijaitsevat nykyisin Heinävedellä. Luostareissa voi vierailla läpi vuoden.
Suomen ortodoksinen kirkko muodostuu Helsingin hiippakunnasta, Kuopion ja Karjalan hiippakunnasta ja Oulun hiippakunnasta. Hiippakunnat ovat kirkolliselta asemaltaan metropoliittakuntia.
Seurakunta on kirkollisen elämän perusyksikkö. Yhteisöinä seurakunnat ovat keskenään varsin erilaisia: suurimpaan seurakuntaan eli Helsingin ortodoksiseen seurakuntaan kuuluu yli 20 000 jäsentä, pienimpään noin kaksi tuhatta.